Getrennt von ihren Freunden und gejagt von ihren Feinden suchen Shô und Mizuki Zuflucht in einer kleinen Stadt, um ihren gnadenlosen Verfolgern zu entkommen. Doch als sich die ganze Stadt in eine Armee von Zoanoiden verwandet, müssen sie erkennen, dass der vermeintliche sicher Hafen eine tödliche Falle ist. Unterstützt von Makishima finden sie ihre Gefährten wieder und gewinnen unverhoffte neue Verbündete in einer Gruppe abtrünniger Cronos-Wissenschaftler. Stationiert in der untersten Ebene des Relocs Point, ersinnen Shô und seine Freunde einen Plan für einen Gegenangriff auf Cronos, indem sie ein versunkenes Raumschiff der Herabgestiegenen aktivieren, das unter dem Stützpunkt verborgen ist. Unglücklicherweise verfolgt Guyot seine eigenen Pläne und entdeckt einen Weg, die Guyver-Units von ihren Wirten zu trennen und sie mit sich selbst zu vereinen. Barcas will den aufrührerischen Zoalord stoppen, bevor dieser gottgleiche Macht erlangen kann, und ruft den Rat der Zoalords nach Japan... .