Der sympathische Riesenaffe Kong hat sich in Susan, die flotte amerikanische Krankenschwester des UN-Atom-U-Bootes Explorer verliebt. Doch ihre Romanze wird zerstört, als Kong von dem verrückten Wissenschaftler Dr. Who an den Nordpol entführt wird. Dort soll der Affe radioaktives Element X aus dem ewigen Eis fördern. Doch Kong kann flüchten. Aber jetzt ist ihm Mechanikong, der gigantische Affen-Roboter von Dr. Who auf den Fersen. So kommt es zum unausweichlichen Kampf der ungleichen Affenbrüder auf dem Tokyo Tower.