Maison will Eve mit der Maschine Eden alias Adam verbinden, um die Menschheit auszulöschen. Train verbündet sich mit den verbliebenen Numbers und dem Verband der Sweeper, um Eden aufzuhalten. Währendessen erreicht Eden durch die Menschen, die er in sich aufgenommen hat, eine höhere und mächtigere Stufe. Während Train und Sven sich Eden widmen und so versuchen Eve zu retten, liefern sich die anderen den finalen Kampf mit den Zero-Numbers...